大壹秋季學期是新生入學後的第壹個學期，所以課程設置以公共基礎課為主，安排少量專業課，讓新生了解和認識自己的專業。
1.公共基礎課公共基礎課包括以下六科。
①大學生職業生涯與規劃
基本上每個大壹新生第壹學期都會有這門課。課程難度不大，主要是希望能幫助新書更好的規劃大學生活和未來發展。
②大學英語壹級
必修課，不用說，開課前會有分班考試。
③體育教育
必修課，會有體育課考試和體檢。
④軍事理論
必考課程，每個大學生都應該掌握的知識。
⑤大學生心理健康教育。
這門課不難，主要是幫助大壹新生調整心態，理性處理各種關系，認真對待大學生活。
⑥思想道德修養與法律基礎
這門課的地位相當於軍事理論，就不用說了。
2.專業課程
①高等數學壹
醫學信息工程用的高等數學教材是同濟版，但是南方中醫其他專業對數學要求不高，用的教材難度也沒有本專業高，所以歸為專業課。
②編程基礎
專業課需要認真對待，不能馬虎。
③醫學信息工程概論
有興趣就好好學習；沒興趣就好好學習。