1，經濟管理功能
屬於醫院信息系統最基礎的部分，主要包括:急診掛號、急診定價、入院管理、住院費用等。
2、藥品管理功能
協助全院完成藥品的管理，主要包括藥庫、門診藥房、住院藥房、藥品價格等信息的管理。其中，加強了基本藥物管理。
3、臨床診療功能
它主要以患者診療的全過程為主線，處理與患者診療相關的各種診療數據和信息。主要包括門診醫生工作站、護士工作站等與診療相關的各種工作站。
4、綜合管理和統計分析功能
指對醫院各類相關數據的統計分析和管理，對所有數據進行匯總、分析和綜合處理，供領導決策和衛生部門使用，主要包括醫療統計、院長綜合查詢分析和衛生局綜合查詢分析。
5.外部接口功能
提供醫院信息系統與新農合的接口，並將逐步實現與醫保系統、雙向診療系統、遠程醫療會診系統、婦幼保健系統等的接口。，從而解決醫院與社會相關系統的互聯互通問題。