研究院由浙江何海測繪院、浙江廣川工程咨詢有限公司、杭州鼎川信息技術有限公司、深圳分公司等科技服務單位組成；河口海岸研究所、錢塘江研究中心、防災減災研究所、水資源與水環境研究所、農村水利研究所、巖土工程研究所、水土保持研究所、環境評價研究中心、自動化信息技術研究所等科研部門；院長辦公室、黨委辦公室、人力資源部、科研生產部、計劃運營部、財務條件部、信息中心、綜合保障部、基建部等職能管理部門；杭州河口海岸實驗研究基地、浙江省河口海岸重點實驗室、浙江省水利防災減災重點實驗室、博士後研究中心、浙江省水利科技創新團隊、浙江省水利科技創新服務平臺、浙江省水利水電工程質量監督檢驗站、浙江省水庫大壩安全監測中心、浙江省灌溉試驗中心站、浙江省水電檢測中心、水利部浙江省檢索與查新工作站、浙江省水利科技