1，下雨，灌溉，水太多，導致根部水分太多，如果排水不及時，辣椒根部就會腐爛。
2.光照不足，低溫高濕，土壤粘性過大，土壤結塊，通風不良。
3.因為種莊稼的地方土質太高，兩邊開溝施肥或除草都會損傷根系。
4、長期使用化肥，使大量細菌在土壤中滋生，有害物質無法排出。
辣椒根腐病的防治方法
1.農業措施
1.1因地制宜種植早熟品種。施用全腐熟有機肥，采用配方施肥技術，可降低發病率。豆科和禾本科作物輪作3-5年。
1.2選擇無病種子，從無病果實中收集種子。種植前用黃金種植等專用(原液)浸泡辣椒根系，然後種植，可使辣椒根系健壯，辣椒植株茂密茂盛。
1.3種植後，溫度控制在20 ~ 30℃，地溫25℃，濕度不高於90%。使幼苗茁壯成長
1.4采用高壟栽培。避免淹水，雨後及時排水，防止田間積水。灌溉和降雨後，及時中耕土壤，增強土壤滲透性，促進根部傷口愈合和根系發育。
2.微生物防治
用於辣椒田時，能固氮、溶磷、溶鉀，充分利用空氣中的氮，通過有益菌的生長代謝產生相應的酶和酸，分解土壤中不溶性的磷和鉀，有利於植物吸收。讓植物“強壯”起來，增強抗病能力。比如金根腐的特殊使用方法就是拌土或者用水灌溉或者滴灌。