湖州市國家稅務局13內設機構:辦公室、政策法規處、貨物和勞務稅處、所得稅處、收入核算處、納稅服務處、稅收征收管理處、財務管理處、人事教育處、監察室、大企業與國際稅收管理處、進出口稅收管理處；還有機關黨委辦公室和離退休幹部處。三個直屬機構:稽查局、車輛購置稅征收管理分局、直屬(開發區)稅務分局；2個機關:吳興稅務局、南潯稅務局；2機構:信息中心和代理服務中心。垂直管理3個縣局單位:德清縣國家稅務局、長興縣國家稅務局、安吉縣國家稅務局。
截至2009年底，全市國稅系統共有幹部職工796人，其中男幹部574人，女幹部222人，分別占72.1%和27.9%，平均年齡42.4歲。其中大專及以上學歷734人，占92.2%(含14碩士)；黨員542人，占68.1%；市級國稅系統* * *在職人員379人，其中男幹部271人，女幹部108人，分別占71.5%和28.5%，平均年齡42.74歲。大專以上343人，占90.5%(其中碩士10)；黨員258人，占68.1%。