可以執行小企業會計準則或商業企業會計準則。壹些與醫藥、醫療相關的科目可以參照醫院會計制度。現行的醫院會計核算辦法參照的是醫院會計制度，是以事業單位會計制度為基礎的。
根據制度，“應收賬款”可以改為“醫療應收款”；將“原材料”改為“庫存材料”；“預收賬款”改為“預收醫療費”；“主營業務收入”改為“醫療收入”，有“門診收入”和“住院收入”明細科目；“主營業務成本”改為“醫療業務成本”，等等。
醫院會計的主要特點:
1.凈資產的構成是:公募基金、固定基金、專用基金和待分配余額。
2.庫存藥品的核算采用銷售價格核算，應設置購銷差價科目。
3.固定資產分類核算，不提取折舊。
4.收支匯總就是醫院的損益表。該項目分為:1 .總收入:財政補貼收入、醫療收入、藥品收入和其他收入；2.總支出:醫療支出、藥品支出、專項財政支出和其他支出。3.國際收支和平衡分配。期末余額應分為業務經費和專用經費。
5.低值易耗品壹次性記為費用。