第二代測序技術可以幫助尋找新的治療靶點，可以是新基因中的新靶點，也可以是已知基因中的耐藥靶點。還可以幫助患者選擇更好的治療方法，這在靶向治療和免疫治療時代尤為重要；最後，它還可以幫助預測癌癥的復發，篩查早期癌癥。
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