其實刺客信條裏的古代情節都是現代人進入Animus(熟悉著名心理學家榮格的朋友都熟悉這個名字)來展示的。Animus是聖殿騎士的子公司Abstergo開發的壹套裝備。通過Animus可以讀取壹個人的基因記憶，通過意識的同步可以重現壹些遠古的事件，從而找到這些伊甸園的碎片。
本系列前五部正統作品中現代線的主角是德斯蒙德，屬於刺客陣營。第五部作品《刺客信條3》(因為第二部是三部曲，兄弟會和啟示錄沒有數字標註)，德斯蒙德在2012犧牲自己拯救人類，以朱諾復活為代價拯救人類文明(玩黑旗現代線的時候有壹個地下控制中心的情節)。最後，德斯蒙德的屍體被聖殿騎士收回，並繼續研究。黑旗現代線的主角只是壹個普通員工，表面上是為公司開發遊戲，但壹步步走來，我發現我工作的娛樂公司並不是開發遊戲那麽簡單。
黑旗的古線是以壹個叫愛德華·肯威的人的視角展開的，他是三代主角康納的祖父。他開始拋棄妻子和女兒獨自旅行，以追求財富和改變生活，並因意外發現壹名叛逃的刺客而卷入刺客與聖殿騎士的戰爭。這是這樣壹個故事。