學校成立於7月，1990。1998 9月通過DNV ISO 9001: 1994質量管理體系認證，10月通過ISO 9001: 2000認證。1999於4月通過國家海事局海員教育培訓質量體系審核，是中國政府履行STCW78/95公約的學校之壹。1999年7月，香港船東會將該校列為其與中國大陸合作的七所航海院校和網絡院校之壹。2001進入某省級重點職業技術學校。2003年6月，165438+10月，學校通過質量管理體系，然後有效審核。2004年被教育部評為國家重點職業技術學校。2004年6月並入浙江國際海運學院，更是碩果累累。2008年2月29日-30日，成為首批順利通過高職高專人才培養工作評估的學院。2010年8月，學校恢復建制，隸屬舟山市政府。
2011 8月，學校恢復建制後，正式脫離浙江海事職業學院，獨立運行。舟山市政府委托浙江海事職業學院管理，與浙江海事職業學院教學資源共享。舟山市教育局按照“優勢互補、錯位發展”的專業布局，確定舟山航海學校為專科學校，重點打造航運、船舶、機電、旅遊等舟山海洋經濟發展四大支柱產業中的航運車輪專業(省級示範專業:航海駕駛與輪機管理)。