北京市市政工程研究總院下設北海分院、深圳分院、廣州分院、廣西南寧辦事處、哈爾濱辦事處等分院。並投資了北京康科瑞工程檢測技術有限公司、北京柔星管道有限公司、北京中路橋宇科技有限公司；並在北京四方建設監理有限公司、北京市政專業設計院有限公司等公司參股。多年來，與清華大學、同濟大學、北京交通大學、北京工業大學等高等院校建立了多項科研合作關系。與全國多家兄弟研究所保持長期互補合作和信息交流；經北京市技術監督局認證的北京市建設工程質量檢測中心第三檢測中心，依托我們過硬的技術能力和精良的設備儀器，在北京市乃至全國多個省市開展了廣泛的檢測試驗業務，並於2003年獲得中國國家實驗室認可。
北京市政工程研究院在深化改革的過程中，不斷引入現代管理理念，不斷推進管理體制和運行機制改革，與時俱進，奮發圖強，在競爭中求進，以創新務實的精神不斷開拓發展，為推進北京國際大都市建設和可持續發展做出了新的貢獻。