根據近期調查,淇澳島紅樹林濕地保護區共有底棲動物14目48科103種。魚類1類10目41科90種;陸棲脊椎動物4綱25目58科65438±0.56種(其中兩棲類65438±0.5種,爬行類27種,鳥類99種,哺乳動物65438±0.5種)。
同時,自然保護區有珍稀瀕危動物15種,占廣東省珍稀瀕危動物總數(117種)的12.8%,其中國家壹級保護動物(中華白海豚)1種。ⅱ級重點保護動物14種(如虎紋蛙、鳶、雷鷹、紅腹鷹、雀鷹、水獺等。).淇澳島自然保護區是中國三大遷徙通道之壹,有許多跨境越冬候鳥和秋冬候鳥在此停留。這些物種很多都是國際協定中的保護鳥類,比如中日候鳥保護協定中的34種,占候鳥保護協定總數的(。中澳候鳥保護協定鳥類16種,占中澳候鳥保護協定總數量(81種)的19.8%。此外,該地區還有國際公約確認的20種瀕危野生動植物。此外,廣東省還有省級重點保護動物17種,國家“三有”保護動物113種。