省內水文機構按行政區劃劃分，實行省內垂直管理。下轄永州、衡陽、湘潭、長沙、邵陽、益陽、湘西、懷化、常德、株洲、張家界、郴州、婁底、嶽陽等市14水文水資源勘測局、省級水文儀器設備檢測中心和123水文站。省局下設辦公室、總工辦、水文處、水文監測處、水利廳(湖南省水環境監測中心)、綜合業務處、計劃財務部、人事教育處等職能部門，以及黨委、紀檢監察室、離退休人員工作辦公室、後勤中心。經省機構編制委員會批準，全省共有水文機構1130個。其中省局人員108人，儀檢中心人員41人，水文基礎調查人員983人。多年來，全省水文部門為防汛抗洪、水利水電工程建設與管理、水資源管理、城市建設、交通與能源、國土資源等國民經濟建設收集了寶貴的水文資料，承擔了大量的水文水資源調查工作，為各級領導提供了重要的科學決策依據，取得了顯著的經濟效益和社會效益。