待遇方面，理論上來說，兩者是完全不同的。工資標準/福利標準有不同的規定。這壹點在退役後會更加明顯。事實上，許多單位，尤其是混合編制的單位，往往會以同樣的方式對待員工，以調動他們的積極性，但這只是單位的做法，可以由另壹位領導來改變，或者相關領導機關要求糾正，就可以輕松改變這種情況。如果妳想轉到別的事業單位，妳的企業編制肯定是不行的。當然現在事業單位也搞聘任制，就是簽合同。但無論如何，人事局管的是編制內的人員及其待遇(包括退休)。
檔案方面，新招聘的人員，包括改革後的事業單位編制人員，大部分已經審核完畢，移交人才中心保管。所以，檔案的保管並不能說明什麽問題。關鍵是身份完全不同，待遇在情理上也不壹樣。
工作人員列入編制的單位，其工作人員工資和活動經費的開支渠道除國家壹般開支外，還有壹些事業單位，采取自收自支、差額補貼等辦法。