以小兒發育行為科、生長發育科、小兒泌尿外科、臺式小兒內科為重點，設置檢驗科、超聲影像科、護理部、藥劑科、血庫、供應室等專業技術科室，秉承JCI醫療標準，通過醫療團隊、護理團隊、服務團隊為家長和患兒提供高專業、高安全、高效率的醫療服務。
杭州復旦兒童醫院以“構建醫學模式，關愛兒童健康”為使命。經過多年發展，醫院兒科綜合學科實力領先，專科臨床診療特色突出，多學科或跨學科聯合會診體系，提高了醫療診療水平，為廣大患者提供了優質、安全、高效的醫療服務。
在各級政府的大力支持和關心下，浙江省心理衛生協會兒童心理健康專業委員會兒童發展行為與學習能力研究基地，杭州市青少年感覺統合訓練定點培訓中心，杭州市賽樓慈善誌願服務中心，美國國際感覺統合協會認證中心全民健康保險定點單位， 以及浙江省浙商總會大健康委員會成員單位相繼入駐杭州復旦兒童醫院，醫院獲得浙江省中醫藥學會臨床指導單位。