生物信息學專業的畢業生可以選擇兩個主要方向就業:
1.醫學檢驗方向，第壹類招聘信息主要在公司，比如藥物分子設計，腫瘤蛋白質組分析等。
2.科研方向。第二類主要在科研單位和公司。主要工作包括基因組序列分析、分子生物學研究、基因芯片數據分析等科學研究。？
生物信息學畢業生還可以在高等院校、環境保護等相關部門和行業從事教學、科研、管理、疾病的分子診斷、藥物設計、生物軟件開發、環境微生物監測等工作。
生物信息學畢業生的基本工作是在生物、醫學等行業跟蹤流程、做算法或者開發軟件。更高端的工作側重於機器學習、數據挖掘和分析。近年來，整個生物信息學專業的就業在向好的方向發展。這個行業得到了國家的大力支持，投入了大量的社會資源。
同時需要註意的是，該專業很多工作都需要碩士學歷，本科生很難獲得高端工作。