藥物分析的重點在於含量和有關物質的測定，其次是其他雜質檢查和鑒別項目。其中大部分雜質為無機鹽、離子雜質和元素雜質，這些雜質的測定和檢查壹般在工藝中介紹，壹般與藥物結構沒有直接關系。可以從藥物特有的官能團和離子進行鑒定(如乳酸鹽鑒定、鈉鹽鑒定、某些官能團的特定反應等。).其他項目如殘留溶劑、水分、灼燒殘渣、無菌及熱源檢查、制劑檢查等與藥物結構無關。
就含量和有關物質而言，高效液相色譜法測定含量和有關物質已經普及。高效液相色譜(HPLC)是通過藥物的主要成分與其有關物質或起始原料之間的結構差異來實現分離的方法(這種差異主要來源於極性、手性、對固定相的親和力等因素。)，並通過藥物的光學特性進行檢測(對於紫外光，在紫外區不吸收的物質可以通過萬能檢測儀甚至質譜來檢測)。因此，從結構上可以初步確定柱型、檢測器類型、流線的壹般組成等因素，但具體的分析方法需要具體的實驗來確定。