消毒前可根據消毒的目的和用途，選擇對病原體殺滅作用強、維持時間長、對人畜毒性低的藥物。此外，消毒劑還應具有不損傷物品和器械、易溶於水、價格低廉、使用方便的優點。但在實際工作中，很難選擇完全符合這些條件的消毒劑，只能根據當地實際情況選擇合適的消毒劑。
(2)註意影響消毒效果的因素。
①畜禽舍的環境與消毒。首先要徹底清洗、沖洗、去除糞便等有機汙染物，畜舍內的天花板也要清洗，去除灰塵、蜘蛛網，否則會影響消毒效果。(2)對畜禽進行消毒時，必須使用刺激性小、毒性低的消毒劑。噴嘴向上噴出霧狀顆粒，噴出的霧狀顆粒直徑應控制在80 ~ 120微米。不允許直接在畜禽頭部噴灑消毒，防止對畜禽眼睛造成傷害。畜禽消毒可根據具體情況每3 ~ 5天進行壹次。(3)消毒劑的濃度與消毒效果成正比，必須按規定的濃度使用，否則會影響消毒效果。④藥物溫度也與消毒效果成正比。例如熱水和堿性水。用福爾馬林熏蒸時，壹定要在沒有畜禽的情況下關閉門窗，封閉縫隙，在不影響動物轉移的情況下連續熏蒸8 ~ 10小時，然後打開門窗排出殘留的藥物氣體，再轉移給畜禽。⑤對畜禽飲用水進行消毒時，不得隨意提高水中消毒劑的濃度或讓畜禽長期飲用該藥液，否則可能引起急性中毒，殺死或抑制腸道內正常菌群，影響畜禽健康。氯、碘和季銨鹽是生產中常用的飲用水消毒劑。