秦瓊沒有參與玄武門的變遷。首先可以說和他的立場有關。雖然他為秦王李世民工作，但他的心並不完全在李世民。可以說，他是忠於現任皇帝唐高祖的，所以當李世民策劃玄武門之變時，他自然不會主動參與。
其次，這也與秦瓊的保守性格有關。在秦瓊的潛意識裏，他會覺得這件事的風險太大。如果成功了，不成功就是死。再加上當時李世民的手下並不缺少沖鋒陷陣的大將，所以與其沖鋒陷陣，不如在後面觀望形勢，待形勢明朗時再選擇站隊。
另外，這也是因為李並非無能。雖然李的帶兵能力不如，但他治理國家的能力絕對不在之下。然後秦瓊看到了這壹點，所以他不忍心參與玄武門的改變，因為他不想成為殺死太子的劊子手，但是以他當時的能力，是不可能改變李世民的決定的，所以他選擇了沈默，不參與。