南京大學和東南大學的學科建設實力差距不大。南京大學壹流學科多，東南大學壹流學科多。根據第四輪學科評估結果，南京大學有465、438+0學科，東南大學有28個學科。南京大學有21個學科評定為A類(A-及以上)，多於東南大學(12)。整體來看，南京大學在學科實力上更具優勢。
南京大學在天文、地質、圖書情報、檔案管理方面被評定為A+，學科實力較強，而東南大學在建築、土木、交通工程、生物醫學工程、藝術理論等學科方面優勢較大。
兩所大學的歷史:
兩所大學都是從1902三江師範學堂起步，經歷了兩江師範、南京高等師範、國立東南大學、國立中央大學的發展時期。
1952東南大學在原國立中央大學工學院的基礎上並入復旦大學、交通大學、浙江大學、金陵大學的相關院系，組建南京工程學院，5月更名為東南大學1988。2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通學院並入南京地質學校，成立新的東南大學。
南京大學於1950更名為南京大學。1952部分工科、農學、師範等院系重組，與金陵大學文理學院合並，組建新南京大學。