1.機械與車輛工程學院:有創新設計研究中心、納米技術研究所、船舶與海洋工程研究所等科研機構。
2.電氣工程學院:有電力電子技術研究所、薄膜光伏實驗室、智慧城市、物聯網中心等科研機構。
3.計算機科學與技術學院:該學院設有高性能計算研究所、計算機軟件新技術重點實驗室、網絡信息安全研究所等科研機構。
4.理學院:有應用數學研究所、生態環境與資源利用研究所等科研機構。
5.化學、化學工程與材料科學學院:學院下設生物化學與分子診斷技術研究中心、超分子高分子材料實驗室、復合新材料與技術研究所等多個科研機構。
6.經管學院:學校下設黑龍江省政府決策咨詢專家庫、經管學院等多個研究中心和研究所。
7.建築工程學院:有建築節能與可再生能源研究所、綠色建築與城市環境研究所、交通建築、虛擬仿真實驗室等科研機構。
8.生物與食品工程學院:有生物技術與工程實驗室、食品功能成分實驗室、馬鈴薯澱粉及其制品工程技術研究中心等科研機構。
此外，黑龍江工程學院還設有數學物理教研室、校園網絡中心、教育技術中心、微電子與信息工程研究所等多個科研機構。通過這些機構的努力，學校不斷推動科研的發展。