1.小農戶由於規模小，不能像大企業壹樣有自己的R&D部門，也不容易得到其他科研部門和技術推廣部門的服務和技術支持。比如很難引進優良的畜禽品種，導致小農戶生產效率低。
2.小農戶的經營者文化素質低，管理能力差，缺乏利用計算機、互聯網等先進技術獲取信息資源的能力，導致銷售能力弱。
3.小農戶缺乏組織，不具備與加工企業談判的地位，因此進入大市場的能力較弱。
4.運營成本高。殺蟲劑、種子和化肥的大量使用增加了農業生產的成本。另外，小農戶壹直都是單獨經營，無論是在生產資料的購買上，還是在農產品的運輸上，他們的成本都比較高。因此，小農戶的經營成本每年都在增加。
5.農產品銷售渠道障礙。小農普遍自給自足，商品消費較少，即使有，同質化也比較嚴重。他們賣的農產品本地需求量小，大部分都是被家裏的商販收購，運到其他地區二次銷售。
由於小農戶作為傳統農業的延續，對銷售渠道知之甚少，習慣了攤販上門收購的形式，更不熟悉互聯網銷售渠道，農產品滯銷對他們來說是家常便飯。