阜陽市醫療保障局貫徹黨中央、省委關於醫療保障工作的方針政策和決策部署，落實市委的工作要求，在履行職責過程中堅持和加強黨對醫療保障工作的集中統壹領導。落實國家和省有關醫療保險基金監督管理辦法，建立健全醫療保險基金安全防控機制，推進醫療保險基金支付方式改革。
組織制定全市藥品和醫用耗材價格、醫療服務項目和醫療服務設施收費等政策，建立醫保支付的醫療服務價格合理確定和動態調整機制。推動建立市場主導的社會醫療服務價格形成機制，建立價格信息監測和信息發布制度。
內部機構和下屬單位
落實省級醫保籌資政策，制定合理待遇政策，統籌城鄉醫保待遇標準。組織編制全市醫療保障基金預決算草案，統籌推進多層次醫療保障體系建設。建立健全醫療保障關系轉移接續制度，組織醫療救助。根據省級長期護理保險制度改革方案，制定全市具體實施辦法。
實施全省城鄉統壹的醫保目錄，制定合理的支付標準，建立動態調整機制，實行省級醫保目錄準入談判制度。制定定點醫療機構協議和支付管理辦法並組織實施，落實和完善異地就醫管理、服務和費用結算政策。組織醫療保險支付方式改革，組織藥品、醫用耗材和醫療技術的經濟評價。