前身是新華社香港分社，成立於5月1947，是中央政府駐港機構。
香港回歸祖國前，新華社香港分社作為中國人民和中國政府在香港的最高代表機構，履行中央賦予的各項職責。
香港回歸祖國後，新華社香港分社繼續履行中央人民政府授權的工作機構的職責。
香港特區政府於7月2日1999在政府憲報公布，新華社香港分社是中央人民政府在香港特區設立的機構之壹。1999 12.28國務院第24次常務會議決定，將中央人民政府授權的工作機構新華社香港分社更名為中央人民政府駐香港特別行政區聯絡辦公室。國務院還賦予中聯辦五項職能:聯系外交部駐香港特別行政區特派員公署和中國人民解放軍駐香港部隊；聯系和協助內地有關部門管理在港中資機構；促進香港與內地在經濟、教育、科學、文化、體育等領域的交流與合作，聯系香港各界人士，增進內地與香港的交流，反映香港居民對內地的意見；處理涉臺事務；承辦中央人民政府交辦的其他事項。
中聯辦(原新華社香港分社)自成立以來，始終按照中央在中國革命、建設和改革不同歷史時期賦予的職責開展工作，為新中國建設和改革開放、香港回歸祖國和回歸後的繁榮穩定、落實“壹國兩制”作出了重要貢獻。中聯辦作為中央政府駐港機構，是廣泛聯系香港社會各界的重要渠道，是促進兩地交流合作的重要橋梁。