1938年，董同誌指示在重慶成立* * *產黨領導的中學，因組織者和主要教師均為清華校友，首任校長、教育家傅仁幹也由清華大學校長先生任命，故命名為重慶清華中學。
解放後，學校由政府接管，重慶清華中學更名為“重慶市第九中學”；
1984，重慶市第九中學恢復“重慶清華中學”校名，政協主席鄧同誌親筆書寫校名；
1982，學校被列為四川省首批重點中學。
1999，學校被認定為重慶直轄後第壹批市級重點中學；
2000年，學校被評為“重慶市最佳文明單位”；
2006年，學校被教育部批準為“中外合作辦學單位”；
2007年，學校被國家漢辦和重慶市教委批準為“漢語國際推廣基地學校”，被國家環保總局和教育部命名為“國家綠色學校”。著名數學家、中科院院士王元先生擔任重慶清華中學首席顧問；
2009年7月，學校被中宣部等十部委命名為“全國青少年文明禮儀教育示範基地”。
2009年9月，學校榮獲“重慶森林校園”稱號。