啟東是長江口不同時期的河流和海洋沈積平原。漢代以前，這裏還是河口水域；清中葉以前，長江口崇明北側小沙洲相繼崛起，清末成為壹個整體。因為土地平整不均，今天的啟東地區曾經屬於三縣管轄。北呂四地區在宋元明時期屬於海門，後被海門縣撤銷，劃歸通州。
北呂四地區自明末至1942屬通州(南通縣)管轄。中部原是海廳(海門縣)；南部原屬崇明縣，稱崇明外砂。1928年3月，崇明外砂脫離崇明縣，成立祁東縣。1942年9月，為適應抗日戰爭形勢需要，將祁東縣、海門、崇明、桐東並入東南行署管轄，隸屬蘇中第四師。抗日戰爭勝利後，撤銷東南行政區，分縣，於1946年2月並入東南行政區。
1949 65438+10月，祁東解放，祁東縣建制恢復。考慮到原祁東縣太窄，南通縣、海門縣東西方向太長，難以管理，將原海門以東的海東、二小區和南通縣以東的呂四區合並為祁東縣。1954年9月，海門縣王寶區12鄉鎮並入祁東縣。同年65438+2月，海門縣同興農場也被劃歸祁東縣。1989 165438+10月13、經國務院批準，撤銷啟東縣，設立啟東市，市政府駐匯龍鎮。