采訪部:設在華僑總圖書館，主要負責紙質圖書的征集和選擇，以及館藏發展計劃的實施。
編目部:設在華僑總館，主要負責館內紙質圖書的分類、編目、加工和館藏分發工作。
流通部:設在華僑總圖書館，主要負責紙質圖書的流通借閱、讀者服務和書庫管理。實行“大流通管理”，提供圖書借閱、閱覽、復印等服務。
期刊部:設在“大眾圖書館大樓”，主要負責紙質報刊的訂購、收藏、借閱等服務業務。提供報紙閱讀、復印等服務。
信息咨詢部:主要負責數據庫資源的收集與選擇、讀者文獻傳遞服務(即館際互借)、自建數據庫建設等服務。
技術部:主要負責圖書館自動化系統、數據庫、圖書館主頁的維護和更新。
辦公室:主要負責整個圖書館的行政事務，負責處理讀者的公共事務。
廈門校區分館:“鄭念金圖書館”，提供書刊借閱服務。