2004年5月，隨學校更名為現名。新館建築面積32414.72 m2，2010年2月25日開館。
南京信息工程大學圖書館是國內高校圖書館中大氣科學文獻收藏最齊全的圖書館之壹，國家自然科學基金委員會也建立了南京大氣信息服務中心。南京信息工程大學圖書館已經形成了以大氣科學為特色，涵蓋多學科、多專業的館藏體系。圖書館擁有紙質文獻65，438+0，245，000份，中外文期刊65，438+0，649種，大型網上數據庫和光盤數據庫24個。圖書館采用匯文文獻信息服務系統，實現了圖書館文獻資源采集、編目、收藏、流通、閱覽、檢索、信息咨詢服務全過程的計算機管理，構建了以讀者為中心的信息服務網絡。
南京信息工程大學圖書館在所有借閱處和閱覽室實行開架管理和“流閱壹體化”的流通模式，努力提高各類文獻信息資源的利用率。南京信息工程大學圖書館有四個系級單位:文獻采編部、流通部、期刊信息部和信息服務部。2008年，圖書館有59名工作人員。