(2)藥品管理:數據準備和藥品字典、藥品倉庫管理功能、門急診藥房管理功能、住院藥房管理功能、藥品核算功能、藥品價格管理、制劑管理子系統、合理用藥咨詢功能；
(3)經濟管理:急診掛號系統、急診計價及收費系統、住院病人出入院及轉院管理系統、病人住院收費系統、物資管理系統、設備管理子系統、財務管理及經濟核算管理系統；
(4)綜合管理與統計分析:病案管理系統、醫療統計系統、院長查詢分析系統、患者咨詢服務系統；
(5)外部接口:醫保接口、社區衛生服務接口、遠程醫療咨詢系統接口；
醫院信息系統包括PACS(圖像存檔和通信系統)、CIS(臨床信息系統)、RIS(放射信息系統)和LIS(實驗室信息系統)。
與醫療活動直接相關的信息系統稱為醫療系統。包括醫療專家系統、輔助診斷系統、輔助教學系統、危重病人監護系統、藥物咨詢和監測系統，以及壹些特殊的診療系統，如CT(計算機X射線斷層掃描)、b超、心電圖自動分析、血細胞和生化自動分析等。這些系統相對獨立，形成專門的系統或由專門的電子計算機控制，主要完成數據采集和初步分析，其結果可通過在線網絡匯集成診療文檔和醫學數據庫，供醫生查詢和調用。