菏澤市教育局是菏澤市人民政府的工作部門，根據省委批準的《菏澤市人民政府機構改革方案》(菏澤廳字〔2009〕47號)和《菏澤市人民政府關於菏澤市人民政府機構改革的實施意見》(菏澤發〔2009〕25號)設立。
職責:
擬訂全市教育改革和發展的規劃和政策並組織實施。負責全市基礎教育(含學前教育)、高等教育、職業教育和成人教育、民辦教育和少數民族教育的統籌規劃和協調；負責全市教師工作，指導學校教職工隊伍建設；指導學校內部管理體制和教育教學改革；組織教育督導評估。
菏澤市教育局內設機構:
辦公室:負責局機關的文電、會議、機要、檔案、信息、信訪、宣傳、安全、保密和監督工作；承擔教育合作與交流的協調工作。
人事處:負責局機關和直屬單位的人事管理和機構編制；承擔全市教育人才隊伍建設工程和中青年教學骨幹、學科帶頭人建設的組織實施；指導全市教師隊伍建設；指導學校內部人事分配制度改革和教師考核工作；組織協調中小學教育行政人員和校長的培訓工作；負責師範畢業生的就業指導；負責教育系統的對外交流。