其主要職能是制定醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障制度的政策、規劃和標準並組織實施，監督管理相關醫療保障資金，完善全國異地就醫管理和費用結算平臺，組織制定和調整藥品和醫療服務價格及收費標準。
制定藥品和醫用耗材招標采購政策並監督實施，對納入醫療保險範圍的醫療機構相關服務行為和醫療費用進行監督管理。為完善統壹的城鄉居民基本醫療保險制度和大病醫療保險制度，不斷提高醫療保障水平，確保醫保基金合理使用、安全可控。
為更好地保障患病群眾就醫，方案提出，整合人力資源和社會保障部城鎮職工和城鎮居民基本醫療保險和生育保險職責、國家衛生計生委新型農村合作醫療職責、國家發展改革委藥品和醫療服務價格管理職責、民政部醫療救助職責，組建國家醫療保障局。
醫療保險中心
醫保局的分支機構和下屬中心，局機關行政編制，中心事業編制，全額公益金，事業編制比公務員少。中心的工作分為財務、審核、征收、治療、審核、經辦、大病、分娩。
會有窗口，但是壹般工作人員在後臺，三方做窗口。在工資的編制上，財政體制是統壹的，工資的高低取決於地方財政。可以去市局，不去區局。畢竟區局窗口單位中午接待群眾會有延時服務。