1.大產權房五證齊全，受法律保護，產權完整。小產權，沒有五證，不受法律保護，只有部分產權。通俗地說，大產權有真實的產權證，小產權沒有產權證。
2.大產權拆遷有補償，小產權房沒有。也就是說，如果政府要拆遷房屋，小產權房業主可能得不到相應的拆遷安置補償。
3.小產權房質量沒有保障，可能存在安全隱患。除了房屋質量和售後保修難以保證之外，入住後的物業管理也非常容易出現問題。
4.因為沒有正規的產權證，小產權無法在房產管理部門登記，無法辦理抵押等其他權利，也就是無法設定抵押或上市交易，也就是說，買小產權房不能貸款，只能壹次性付清。因此，小產權房買賣存在很大的法律風險，必須謹慎對待。