2006年，道金斯成立了非盈利組織“理查德·道金斯理性與科學基金會”（Richard Dawkins Foundation for Reason and Science，簡稱RDFRS），用來為各類科研項目、科普教育以及各種世俗主義性質的慈善機構提供資金幫助。這個基金會同時還承擔著在其網站上向大眾提供人文主義、理性主義以及科學信息資料的任務。道金斯基金會在英美兩國均被定義為慈善機構。
2009年3月，美國俄克拉何馬州議員托德·湯姆森（Todd Thomsen）試圖在該州推行反進化論法律。針對此事，道金斯基金會的美國分部特地向俄克拉何馬優秀科教組織（Oklahomans for Excellence in Science Education）捐贈了5000美元以示聲援。
2009年12月，道金斯基金會建立了“非信教者援助機構”（Non-Believers Giving Aid）並籌集了50萬美元用以幫助無國界醫生組織和國際紅十字會幫助海地地震的救援工作。