法律分析:員工工資會被扣。生育津貼不需要從社保和公積金中扣除。我國生育津貼的支付方式和支付標準有兩種:壹是生育保險實行社會統籌的地區，支付標準按照上壹年度職工月平均工資支付，期限不少於90天。未實行生育保險社會統籌的地區，生育津貼由企業或單位支付，標準為女職工生育前的基本工資和物價補貼，期限壹般為90天。女職工產假期間的生育津貼，由生育保險基金按照上年度職工月平均工資的標準支付；未參加生育保險的，由用人單位按照女職工產假前的工資標準繳納。女職工生育或者流產的醫療費用，按照生育保險規定的項目和標準，由生育保險基金支付。未參加生育保險的，由用人單位繳納。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第五十四條。用人單位已繳納生育保險費的，其職工享受生育保險待遇，失業人員配偶按照國家規定享受生育醫療費用。所需資金從生育保險基金中支付。生育保險待遇包括生育醫療費和生育津貼。