研究所設有世衛組織兒童健康合作中心、中國兒童保健疾病預防控制指導中心、中加兒童健康研究合作中心、北京市感染與免疫中心實驗室。該研究所是中華預防醫學會兒童保健分會和中國兒科醫師協會的主席。中國關心下壹代專家委員會、宋慶齡基金會兒科獎勵基金委員會、中國社區衛生協會等國家級專業學會辦公室設在研究所內。研究所有擔任全國性專業學會、協會領導職務的知名專家。