水利基金的計算方式是按上個月銷售收入或營業收入的3%計征。水利基金是用於水利建設的專項資金，由中央水利建設基金和地方建設基金組成。
水利建設基金是專項用於水利建設的政府性基金。水利建設基金應按照收入的0.1%來計提和交納。2012年度湖南按銷售收入的0.06%來計提和交納。
哪些企業可以免征水利建設基金？
①未達到增值稅起征點的生產經營單位和個體工商戶不用繳費。
②水利建設基金的計算是以銷售收入為基準的，免征增值稅的銷售收入不計入繳費基數。
③如國防工程、防洪工程以及養老院、孤兒院的建設等固定的大工程項目可以不用繳納。
④駐湘的軍工企業所生產的軍工產品獲得的銷售收入以及國家規定的其他免征情形，是不用繳費的。