學院有三個層次的收費，不同層次收費不同。
二本專業：5000元/年。三本專業：1、文史、理工類專業：10000元/年；2、藝術類專業：12000元/年；高職（專科）：文史、理工類專業：8000元/年。
獎助學金：
學院壹直將資助貧困生作為重要工作來抓，千方百計籌集資金，制定實施了壹系列措施，建立了以“獎、助、貸、勤”為主體的資助體系，開展“壹個都不能少”助學活動，“不讓任何壹個學生因經濟困難而輟學”是雲南工商學院對社會作出的鄭重承諾。
近年來，學院先後為民族發展扶持班投入400多萬元，投入自強獎學金200多萬元。學院還引入合作企業、優秀校友，目前在校內設立各類獎學金10余種，累計發放100余萬元獎學金，資助500余名貧困學子順利完成學業。
2017年，學院與民進中央開明慈善基金會設立“壹個都不能少”扶貧助學項目，項目金額達252.7萬元。