中國孔子基金會於1984年9月在谷牧指導下經中***中央批準在山東曲阜市成立。
1996年8月經中央領導批準由北京轉會濟南，受中***山東省委領導。現韓喜凱為會長，王大千為理事長兼秘書長。
該會經各方協商推舉，由全國各地著名學者和知名人士164人組成理事會，公推中國人民政治協商會議全國委員會副主席谷牧為名譽會長，全國人民代表大會常務委員會副委員長周谷城為首席名譽顧問，王光英、白壽彜、劉毅、劉靖基、李耀文、周南、胡平、榮毅仁、黃胄、梁步庭、焦若愚、楚圖南為名譽顧問。南京大學名譽校長匡亞明為會長，常務副會長由趙健民、吳富恒、宮達非、馬儀、辛冠潔擔任。副會長由王玉哲、王潤廷、孔繁、孔令仁、孔令朋、孔德懋、金景芳、白介夫、李子超、楊向奎、張健、張豈之、張岱年、張黎群、徐寶慶、蔡尚思擔任。
基金會設立學術委員會、基金委員會、孔子與儒學文物研究委員會、信息委員會、出版委員會、辦公室（設在北京）、曲阜辦事處、《孔子研究》編輯部、《儒風大家》編輯部等機構，分別執行該會工作任務。