(1)對操作風險管理的認識不足。在基層商業銀行，仍存在對操作風險的事實認識不到位，忽視以制度管人的重要性，對執行制度的重要性認識不到位，重業務、重績效、重任務，輕制度、輕執行、輕管理的現象。
(2)人員配備與制度要求不相符。在銀行業機構改革和股份制改造過程中，基層商業銀行機構網點大量撤並，部分人員內退、外調、分流，但新人補充不足，造成了基層銀行人員老化、兼崗，甚至要害崗位存在人少兼崗現象。
(3)風險點分散、管理難度大。壹是可能案發的部門多，會計結算、儲蓄出納、信貸管理、保衛押運等部門是基層行案件多發區。二是?印押證槍鈔?管控難度大。三是制度規定煩瑣，環節控制復雜，極易造成省略環節，違章操作問題。
(4)內部審計功能滯後與業務快速發展的矛盾。近年來基層商業銀行傳統業務快速增長，中間業務異軍突起，如基金、股票托管、代客理財、黃金業務等成為非資產業務收入的重要增長點。但基層商業銀行內部審計功能沒有跟上業務發展的步伐，內控手段有弱化之勢。