各統籌地區根據協議醫療機構中選產品約定采購量和中選價格、非中選產品使用金額，以及集采藥品支付比例和集采通用名藥品統籌地區參保患者人次占比等因素，計算協議醫療機構集采通用名藥品醫保支出金額，低於集采藥品醫保資金預算的部分，即為結余測算基數。為鼓勵使用中選產品，協議醫療機構使用中選產品超過約定采購量部分，在核定結余測算基數時不計入集采通用名藥品醫保支出金額。
? 各統籌地區醫保部門按規定在結算前對協議醫療機構進行年度考核，完成約定采購量且考核合格的協議醫療機構，按不高於結余測算基數50%的比例留用集采藥品醫保資金，具體留用比例由各地根據各協議醫療機構的考核結果確定。醫保結余留用金額和通用名藥品醫保實際支出金額之和不應超過集采藥品醫保資金預算;若通用名藥品醫保實際支出金額超過集采藥品醫保資金預算，醫保基金按規定進行結算。