1、制定並發布年度項目指南；
2、受理項目申請；
3、組織專家進行評審；
4、批準資助項目；
5、管理和監督資助項目實施。
自然科學基金委根據基金發展規劃、學科發展戰略和基金資助工作評估報告，在廣泛聽取意見和專家評審組論證的基礎上制定年度項目指南。年度項目指南應當在接收項目申請起始之日30日前公布。
《國家自然科學基金條例》第五條依托單位的科學技術人員具備下列條件的，可以申請青年基金項目：（壹）具有從事基礎研究的經歷；
（二）具有高級專業技術職務（職稱）或者具有博士學位，或者有2名與其研究領域相同、具有高級專業技術職務（職稱）的科學技術人員推薦；
（三）申請當年1月1日未滿35周歲。
從事基礎研究的科學技術人員具備前款規定的條件、無工作單位或者所在單位不是依托單位的，經與依托單位協商，並取得該依托單位的同意可以申請。依托單位應當將其視為本單位科學技術人員實施有效管理。