與醫保統籌賬戶相對應的是醫保個人賬戶。個人賬戶裏的錢主要來源於醫保費裏工作人員繳納的部分，可以主要用於支付普通門診和在定點醫療機構買藥。
統籌基金包括:統籌地區所有參保單位繳費總額扣除個人賬戶後的剩余部分；財政補貼；社會捐贈；銀行利息；滯納金；商業重疾保險等。
醫療保險統籌基金屬於參保人員所有，專戶儲存，專款專用，任何單位和個人不得挪用。統籌基金主要用於參保人員住院、非定點醫院急診搶救、異地(醫院)轉診、異地安置、特殊疾病門診等醫療費用。
醫療保險統籌基金是保證基本醫療保險制度正常運行的首要條件。壹旦統籌基金嚴重超支，基本醫療保險制度的保障功能就會被削弱甚至崩潰，從而導致基本醫療保險改革的失敗。但是，整體基金在運作過程中面臨各種風險是客觀存在且無法回避的事實。因此，認真研究和探討醫療保險基金運行中存在的各種風險，規避和防範這些風險，具有十分重要的現實意義。