支付賬戶性質不同:醫保卡基金支付指的是醫保統籌基金，壹般職工醫保單位繳費和城鄉居民個人醫保繳費均進入醫保基金賬戶；醫保賬戶是指醫保個人賬戶，只有職工醫保才有。往往是職工醫保個人繳納的部分進入醫保個人賬戶。
支付性質不同:醫保卡基金支付統籌基金賬戶的錢，醫保報銷需要通過醫保卡基金支付；賬戶支付是指用個人醫療保險賬戶的錢來支付，往往要求個人自費，自費的醫療費用屬於個人醫療保險賬戶支付。