衛生系統事業單位主要分為全額撥款事業單位和差額撥款事業單位兩種。目前自收自支的鄉鎮衛生院和事業單位相對較少。主要原因是鄉鎮難以留住人才。沒有事業單位的保障，更難以吸引人、留住人才、穩定人才隊伍。
至於待遇，鄉鎮衛生院工作人員和很多公立醫院壹樣，分兩種。包括職員和編外人員。編制內工作人員是具有事業單位編制的工作人員，其工資參照普通事業單位發放，大部分包括基本工資、職稱工資和與單位收入相關的績效。這方面的情況不壹樣，2000元到8000元不等，但是西部大部分貧困縣都有4000以上的從業人員。收入遠高於同級鄉鎮公務員。