統籌地區財政部門和衛生行政部門對基金實行監督管理，並由新型農村合作醫療經辦機構(以下簡稱經辦機構)具體負責基金的日常業務管理和會計核算工作。
基金財務管理的任務是：認真貫徹執行國家有關法律、法規和方針、政策，合理籌集和使用基金；建立健全財務管理制度，組織落實基金的計劃、核算、分析和考核工作，如實反映基金收支狀況；嚴格遵守財經紀律，加強監督和檢查，確保基金的安全。
各統籌地區財政部門在社會保障基金財政專戶中設立新型農村合作醫療基金專賬(以下簡稱財政專戶)，專門管理和核算基金。基金納入財政專戶，實行收支兩條線管理，專款專用。任何地方、部門、單位和個人均不得擠占、挪用，不得用於平衡財政預算，不得用於經辦機構人員和工作經費。