1.預算編制精細化有待提升。目前，政府性基金收支預算編制中存在方法較單壹、方式較粗放等問題。在編制方法上，基本上仍是沿用過去基數加增長的編制方法；收入預算編制部門對基金收入情況和影響因素掌握不全面，難以對基金收入作出科學、準確的預測。支出預算尚未完全實行項目庫管理。
2.預算執行約束力有待加強。目前，主要存在預算與執行差異較大、預算支出結余較多和預算執行進度不夠均衡等問題。
3.預算監管力度有待加強。主要需加強財政監督和績效評價。