1.從相關預算結余中提取專項基金。從非財政撥款結余或經營結余中提取專用基金時，財務會計根據提取的金額，借記“本年盈余分配”科目，貸記“專用基金”科目，預算會計借記“非財政撥款結余分配”科目，貸記“專用結余”科目。疾病預防控制中心可以從相關預算結余中提取專項基金。
2.從相關收入中提取專項資金。從收入中提取專用基金時，財務會計根據提取的金額，借記“業務活動費用”等科目，貸記“專用基金”科目。預算會計不做賬務處理，疾控中心可以從相關收入中提取專項資金。