負責制定和實施國防領域的科技規劃和科技政策；負責構建國防領域重大科技問題專家咨詢機制，統籌學校國防領域科技創新工作。負責國防領域省部級以上科技創新平臺的申報、立項、建設、驗收和管理；負責其他軍隊科技固定資產投資項目的申報、審批、驗收和管理，配合有關部門和單位開展建設工作。
2.基礎科學研究所
負責制定學校人口領域的科技規劃和科技政策的制定與實施；負責構建人口領域重大科技問題專家咨詢機制，統籌學校人口領域科技創新工作。負責國家自然科學基金、地方自然科學基金等基礎科學項目的論證、申報、立項和管理；負責國家科技重大專項(人口部分)、國家重點R&D計劃、改革前科技計劃等國家、部級和地方政府科技計劃的論證、申報、立項和管理工作。
3.人文社會科學研究所
負責省級以上人文社會科學研究機構和研究基地的申報、立項、建設、驗收和管理；負責組織人文社會科學研究項目的論證、申報、立項和管理；負責行使北京大學智庫秘書處的職能，負責智庫的建設和日常活動的組織管理。