各部主要職能： 壹 項目受理部
統壹受理創新基金項目申請並對申請項目材料進行初步審查；負責編制創新基金年度支持重點和工作指南；負責創新基金專家庫的建設、管理工作和專家委員會的聯系工作。
二 項目審理部
負責委托或組織有關中介機構、專家進行創新基金項目的立項評估、評審、招標及專家咨詢工作，並提出立項建議；研究提出有關創新基金項目的評估、評審、招標標準及中介機構的資格條件。
三 信息監理部
負責對項目的立項及實施過程進行監理並組織項目驗收；負責對創新基金整體實施進展、實施效果進行評價，並提出創新基金年度執行情況報告；負責創新基金的信息管理、信息咨詢及信息開發工作；負責受理外界對創新基金有關問題的投訴。
四 計劃財務部
負責制訂並協調落實創新基金年度工作計劃；負責提出創新基金項目建議意見，經報批後，編制及下達創新基金項目執行計劃，並負責與項目承擔單位簽訂項目合同；負責財務管理工作，並聯系有關金融機構落實項目貸款。