作為中國第壹家以捐贈股票形式支持社會公益慈善事業的基金會，河仁基金會開創了中國基金會資金註入方式、運作模式和管理規則的多個第壹。
河仁慈善基金會在管理模式上也將不同於以往。基金會采取理事會領導下的秘書長負責制，定位為資助性慈善基金。邀請13名知名人士任理事，基金會的重大事項均由理事會決策，理事會由監事會監督。還將聘請國際知名會計師事務所參與審計，每年定期公開審計報告及慈善項目名單。
基金會下設四個管理機構，分別負責預算和財務管理、慈善項目管理、資產直接項目投資和間接項目投資。
在今後基金會的運作上，曹德旺表示，基金會將秉承“公開、公正、公平”的原則運作，為保證“每壹分錢的去向都讓社會知道”，基金會將像國際上市公司壹樣規範管理，定期公開審計報告和慈善項目名單，基金會的每壹件事都會向社會公告。
組織機構圖示