在稅收方面，私募股權投資基金的稅收優勢被認為是有限合夥制優於公司制的根本原因，但是在證券投資領域，有限合夥型與信托型基金的稅負基本相當。 《合夥企業法》第六條規定：“合夥企業的生產經營所得和其他所得，按照國家有關稅收規定，由合夥人分別繳納所得稅。” 合夥企業本身不具有獨立的主體資格，不必繳納企業所得稅，而當企業盈利時普通合夥人和有限合夥人根據各自情況繳納所得稅。若有限合夥人是企業法人，其證券投資收益在自身企業層面繳納企業所得稅；若有限合夥人是個人投資者，根據相關規定其證券投資收益只需申報稅務機關，不需繳納所得稅。 由於目前的私募基金管理人多為企業法人，因此普通合夥人經營私募基金和投資所得收益則需繳納企業所得稅。同樣，信托產品本身並不是合格的納稅主體，證券投資收益需根據投資人的各自的法律主體地位分別繳納所得稅。也即，企業法人繳納企業所得稅，自然人不納稅。
另外，有限合夥企業需要繳納營業稅。信托產品雖然本身不需繳稅，但是作為企業的基金管理者仍需繳納營業稅。 如此看來，兩種模式下的營業稅負擔相當。